La basilique Sainte-Madeleine fut initialement construite comme lieu de repos pour les pèlerins du Chemin de Saint-Jacques-de-Compostelle. Comme beaucoup d’édifices du Gipuzkoa, elle servait également d’hôpital. Au Moyen Âge notamment, elle revêtait une grande importance, servant de refuge aux personnes atteintes de la lèpre.
Située au milieu du XVIe siècle, elle fut construite sur les terres du conseil municipal, loin des remparts, dans un quartier menant au port de Pasaia. Avec l’expansion de la ville, elle fut intégrée à l’agglomération. Au début du XVIIe siècle, elle cessa d’être un hôpital et un refuge pour les pauvres et connut un déclin progressif. Elle prit son aspect actuel en 1886 et n’a pas subi de modifications importantes pendant 120 ans. À partir du XXe siècle, des rénovations furent entreprises en raison de son état de délabrement avancé.
Les pèlerins du Chemin de Saint-Jacques-de-Compostelle ne s’y rendaient pas uniquement pour se faire soigner. Comme en témoignent divers documents, des lépreux des villes voisines et de Navarre, ainsi que d’autres personnes, venaient également y chercher la guérison. Selon la tradition, les malades devaient entrer dans la basilique-hôpital par une porte et en sortir par une autre une fois leur visite terminée. Plus tard, les enfants atteints de maladies de la bouche ou d’aphtes étaient amenés par leurs mères. Nombreux étaient les citoyens qui venaient consulter la sainte pour lui adresser toutes sortes de demandes. C’est pourquoi des bougies étaient toujours allumées.
Au Moyen Âge, le Chemin de Saint-Jacques était l’un des pèlerinages les plus importants, au même titre que ceux de Rome et de Jérusalem. On attribuait à Marie-Madeleine des pouvoirs de guérison, car sa première intention après la mort de Jésus fut de réconforter le corps meurtri et de soulager sa douleur. Ces intentions ont conduit la chrétienté à faire de la Madeleine galiléenne le premier témoin de cet événement suprême. Le Christ ressuscité apparut d’abord à Marie-Madeleine, qui annonça aux apôtres que l’aventure de Jésus n’était pas terminée, que la mort n’avait pas fait taire la voix du prophète crucifié.
