Il s’agit d’un édifice Renaissance du XVIe siècle. Indépendant, il se compose de deux parties distinctes : la chapelle et l’hôpital, bien que partageant la même toiture.
La chapelle, de plan rectangulaire, est visible des deux côtés. Son parapet en pierre, très bien ventilé, forme des murs aux rares ouvertures. La partie supérieure est ornée de triglyphes et de métopes sur tout son périmètre. Une corniche moulurée surmonte la frise. Celle-ci soutient la toiture et ne présente pas d’avant-toit. La façade donnant sur la place de l’église est percée d’un axe central avec une entrée et une arche en plein cintre. Elle est ornée de moulures simples. Cet axe se termine par un mur de pierre abritant le clocher.
La façade donnant sur la rue Donibane est asymétrique. Le portique, remarquable, est surmonté d’une arche en plein cintre soutenue par deux colonnes doriques. L’entablement est composé de triglyphes et de métopes. Au fond du portail se trouve l’image de saint Jean, insérée dans une niche. Un fronton surmonte le portail, et des volutes ornent les côtés. On peut également y voir les armoiries du XVIIIe siècle, remarquablement bien conservées. À droite se trouve l’entrée percée de deux fenêtres, conçues pour protéger du vent et de la poussière. À l’intérieur, une voûte d’ogives complexe couvre le plan carré. Les cannelures sont peintes en rose. Les murs et les éléments de maçonnerie de la voûte sont blanchis à la chaux. L’accès se fait par tous les côtés, sauf par le haut. Un aveugle, évoquant une porte, est visible dans l’évangile.
Dans la partie avant, on peut admirer un retable Renaissance du XVIIe siècle, en bois polychrome. Il est très probablement l’œuvre de Jeronimo de Larrea. La statue de saint Sébastien et les « Christs affligés » d’Azpeitia présentent une grande cohérence stylistique. Larrea les mentionne toutes deux dans son testament. Le retable a probablement été réalisé après 1595. De style classique, il présente la simplicité caractéristique de l’époque. Il se compose d’un banc, de deux corps de logis et de trois bas-côtés. Six statues sont logées dans les niches. Un toit protège le Calvaire, gardé par deux figures : l’archange saint Michel et l’évangéliste saint Jean. La frise séparant les deux niveaux est ornée de reliefs représentant la Mise au tombeau et la Résurrection du Christ. Dans le bas-côté central, les niches abritent saint Jean-Baptiste et la Vierge à l’Enfant. Les autres niches renferment des statues de saints, ainsi qu’un Christ crucifié. Selon Lekuona, il s’agit d’une œuvre gothique provenant de l’ermitage d’Andrearriaga.
Le bâtiment de l’hôpital, édifice complexe, est attenant au bâtiment religieux. Il s’élève sur trois niveaux et ses ouvertures et niches sont encadrées de pierres de taille. Lors de la dernière rénovation, un étage supplémentaire a été aménagé sous la toiture. Les deux corps de logis sont structurés par un mur de briques et des observatoires en bois. De magnifiques armoiries baroques, de grande taille, ornent désormais la façade arrière. On y retrouve les armoiries des domaines de Zuloaga et d’Oiartzabal.
