Se trata de un edificio renacentista construido en el siglo XVI. Es exento y consta de dos partes diferenciadas: la capilla y el hospital, aunque ambas comparten el mismo tejado.
La capilla tiene planta rectangular y es visible desde ambos lados. El parapeto, de piedra, está muy bien ventilado. Los muros, con pocas aberturas, están rematados con triglifos y metopas en todo el perímetro. Sobre el friso se alza una cornisa moldurada que sostiene el tejado y carece de alero. La fachada que da a la plaza de la iglesia tiene un eje de apertura con una entrada y un arco de medio punto. Presenta molduras sencillas. El eje termina en un muro de piedra con campanario, que se encuentra dentro de una abertura.
La fachada que da a la calle Donibane es asimétrica. Destaca el pórtico, con un arco de medio punto sostenido por dos columnas dóricas. El entablamento está compuesto por triglifos y metopas. Al final del portal se encuentra la imagen de San Juan, insertada en un nicho. En la parte superior se encuentra un frontón y en los laterales, volutas. Además, se puede apreciar el escudo de armas del siglo XVIII, que se conserva en buen estado. A la derecha se halla la entrada con dos ventanas, diseñadas para proteger del viento y el polvo. En el interior, una bóveda de crucería cubre la planta cuadrada y es bastante compleja. Las ranuras están pintadas de rosa. Tanto las paredes como los elementos de mampostería de la bóveda están encalados. Se puede acceder a ella desde todos los lados excepto desde la parte superior. Además de lo mencionado, en el Evangelio se observa una cenicera que simula una puerta.
En la parte frontal, se puede apreciar un retablo renacentista del siglo XVII, realizado en madera policromada. Casi con toda seguridad, fue obra de Jerónimo de Larrea. La estatua de San Sebastián y los «Cristos Afligidos» de Azpeitia presentan una gran coherencia estilística. Larrea menciona ambas obras en su testamento. El retablo probablemente se realizó después de 1595. Es de estilo clásico y presenta la sencillez propia de la época. Consta de un banco, dos naves y tres laterales. Los nichos albergan seis estatuas. Además, cuenta con un techo que representa el Calvario. Este está protegido por dos figuras: el Arcángel San Miguel y el Evangelista San Juan Bautista. El friso que separa las dos plantas contiene relieves del Entierro y la Resurrección de Cristo. En la nave central, los nichos representan a San Juan Bautista y a la Virgen con el Niño. Los demás son estatuas de santos. También se encuentra una imagen de Cristo crucificado. Según Lekuona, es de estilo gótico y procede de la ermita de Andrearriaga.
El edificio del hospital es una construcción compleja, anexa al edificio religioso. Tiene tres alturas y las aberturas y los nichos están revestidos de sillería. Tras la última renovación, se construyó una planta adicional bajo el techo. Las dos naves están delimitadas por un muro de ladrillo y observatorios de madera. En la fachada trasera se ha añadido un gran y hermoso escudo de armas barroco. Se muestran los escudos de armas de las fincas de Zuloaga y Oiartzabal.
