La Basílica de la Magdalena fue construida originalmente como lugar de descanso para los peregrinos del Camino de Santiago. Una de las funciones de la basílica, como muchas en Gipuzkoa, era la de hospital. Especialmente en la Edad Media, tuvo gran importancia, ya que servía de refugio para quienes padecían la enfermedad conocida como San Lázaro (lepra).
Se ubica a mediados del siglo XVI. Fue construida en terrenos del ayuntamiento, lejos de las murallas de la ciudad, en un barrio que conducía al puerto de Pasaia. Sin embargo, con el crecimiento de la ciudad, se integró al núcleo urbano. A principios del siglo XVII, dejó de ser hospital y albergue para los pobres y comenzó un continuo declive. Adquirió su aspecto actual en 1886 y no ha sufrido cambios significativos durante 120 años. A partir del siglo XX, se llevaron a cabo renovaciones debido a su avanzado estado de deterioro.
Los peregrinos del Camino de Santiago no solo acudían allí para curarse. Como se puede apreciar en diversos documentos, además de estos, también acudían leprosos de la localidad y de los pueblos vecinos, así como de Navarra. Según la tradición, los enfermos debían entrar en la basílica-hospital por una puerta y salir por otra al ser atendidos. Posteriormente, las madres llevaban a sus hijos con enfermedades bucales o aftas. No solo acudían a la santa para curarse, sino que muchos ciudadanos le hacían todo tipo de peticiones. Por ello, siempre había velas encendidas.
En la Edad Media, el Camino de Santiago era una de las peregrinaciones más importantes, junto con Roma y Jerusalén. A María Magdalena se le atribuía el poder de la curación, ya que su primera intención tras la muerte de Jesús fue consolar el cuerpo castigado y aliviar su dolor. Estas intenciones llevaron al cristianismo a considerar a María Magdalena de Galilea como la primera testigo del acontecimiento supremo. Jesús resucitado se apareció primero a María Magdalena, y ella les dijo a los apóstoles que la aventura de Jesús no había terminado, que la muerte no había silenciado la voz del profeta crucificado.
